Durante i primi anni dello zen in Cina, dove era conosciuto come chán, si sono sviluppate cinque scuole o «case» principali. Nel XIII secolo, solo due delle scuole originarie rimasero attive: la Linji e la Caodong. La maggior parte delle scuole zen nel mondo oggi fa risalire il proprio lignaggio a una o all’altra.

La scuola Linji, che prende il nome dal maestro cinese Linji Yixuan (morto nell’866 d.C.), sviluppò la pratica della meditazione sui gōng’àn (in giapponese, kōan), brevi storie che indicano un aspetto dell’illuminazione, e che possono venire ulteriormente ridotte alla loro essenza, chiamata huatou, la «testa della frase» o «fonte del pensiero». Favorire la concentrazione grazie all’uso dei kōan o degli huatou è la pratica centrale della scuola Linji. Uno dei gong’an più citati è quello del monaco Zhaozhou (in giapponese, Joshu) dell’VIII secolo che, alla domanda sulla possibilità che un cane avesse la natura di Buddha (il potenziale per l’illuminazione di tutti gli esseri senzienti), rispose enigmaticamente: «Wu (in giapponese Mu)», ovvero «vuoto», riferendosi alla natura vuota della mente. Con il tempo, questo gong’an è stato abbreviato nello huatou «Che cos’è Wu?» o semplicemente «Wu».

La scuola Caodong è stata fondata da Dongshan Liangjie (807-869) e la sua pratica principale è il mozhao chán (in giapponese, shikantaza), o zen dell’illuminazione silenziosa, una forma di zazen che consiste nel sedersi con profonda e ricettiva consapevolezza dell’esperienza presente. Dongshan Liangjie si distingue anche per i suoi insegnamenti sulla quiddità (tathātā), la natura ultima di tutte le cose e di tutti gli esseri.

Nello zen cinese, chiamato chán, il linji è di gran lunga la tradizione più estesa e predominante. Il chán è forse più conosciuto in Occidente grazie alla Dharma Drum Mountain, un’organizzazione internazionale fondata a Taiwan dal maestro Sheng Yen (1931-2009).

Il linji fu trasmesso dalla Cina alla penisola coreana nel IX secolo. Nel XII secolo, i buddhisti zen (soen) coreani formarono l’ordine Jogye, combinando elementi del linji con forme di buddhismo già praticate in Corea. Oggi la scuola jogye è la più grande e antica scuola zen della Corea e un maestro jogye del XX secolo ha fondato l’ordine zen coreano più conosciuto in Occidente, la scuola Kwan Um. Un altro ordine soen, il Taego, fu fondato nel XIV secolo – quest’ultimo dà maggiore risalto a un approccio più puramente linji.

Sebbene si ritenga che lo zen abbia raggiunto il Vietnam nel primo millennio, l’attuale zen vietnamita (thiền) si è evoluto principalmente da un ramo del linji comparso nel XVII secolo. In Occidente, lo zen vietnamita è rappresentato dall’Order of Interbeing, fondato dal maestro zen, scrittore e attivista per la pace Thich Nhat Hanh (nato nel 1926).

Sia il linji sia il caodong zen raggiunsero il Giappone nel XIII secolo. Eihei Dōgen (1200-1253 d.C.), un maestro Zen della tradizione caodong, fondò la scuola Sōtō, che divenne la più grande scuola zen del Giappone. Il linji giapponese, chiamato rinzai, sviluppò un approccio unico alla meditazione huatou: gli studenti seguono un programma di centinaia di Kōan nel corso della loro vita. In seguito, una terza scuola zen sorse in Giappone quando gli insegnanti linji provenienti dalla Cina furono respinti dall’establishment rinzai, che si opponeva alle pratiche devozionali che il chán aveva tratto dalla scuola della Terra Pura. Alla delegazione cinese fu tuttavia permesso di continuare come setta separata chiamata Ōbaku Zen.

Lo scrittore Andy Ferguson racconta il suo pellegrinaggio alla fonte della scuola Caodong del buddhismo chán in «Pilgrimage to Dong Shan».